나뭇잎 마을 12살 소년 우즈마키 나루토는 닌자 학교의 완전 문제아. 매일 장난만 치고 학교 성적도 좋지 않아 졸업도 힘든 지경이다. 하지만 나루토에게는 마을의 영웅이며 長인 호카게의 이름을 이어 마을 최고의 닌자가 되겠다는 꿈이 있었다. 그러나 그런 나루토를 보는 마을 사람들의 시선은 차갑기만 하다. 실은 나루토에게는 출생의 비밀이 있었다. 12년 전 마을을 공포로 몰아넣은 괴물 구미호가 당시 갓난아이였던 나루토의 몸에 봉인되어 있기 때문이다. 학교의 교관인 미즈키에게 이용 당해 호카게에게서 봉인의 서를 훔친 나루토는 미즈키에게 이 사실을 듣게 되고 아연실색하게 된다. 이루카 선생의 도움을 받아 나루토는 위기일발에서 미즈키를 쓰러뜨린다. 이루카 선생님이 나루토의 비밀을 알면서도 나루토를 잘 이해해 주고 있었다는 사실을 깨달은 나루토는 결의를 새롭게 다진다. 무사히 닌자 학교의 졸업을 인정 받은 나루토는 우치하 사스케, 하루노 사쿠라와 함께 닌자로서의 첫 발을 내딛게 된다.