심해 1만 미터에 있는 해저의 낙원인 “어인섬”에 도착한 밀짚모자 일당은 섬을 다스리는 “용궁왕국”의 왕인 넵튠의 초대를 받는다. 왕궁에서 루피가 만난 시라호시 공주는 그녀를 노리는 해적 반더 덱켄 9세로부터 몸을 지키기 위해 연금 상태에 놓여 있었다. 한편, 호디 존스가 이끄는 “신어인해적단”이 덱켄 일당과 손잡고 용궁왕국의 붕괴를 노리며 움직이기 시작한다. 신어인해적단은 예전에 루피가 쓰러뜨린 어인 해적 아론의 뜻을 이어받아 인간들에게 복수하기로 마음먹었다. 호디는 인간과 친해지기를 바라는 사람을 제거하기 위해 왕국을 탈취하여 왕이 되겠다고 선언한다. 루피는 정상전쟁에서 함께 싸운 전 칠무해 징베를 다시 만나서, 오랜 세월에 걸쳐 어인섬에 뿌리내린 차별의 역사를 알게 된다. 그리고 징베의 부탁을 받아 어인섬의 위기를 구하기 위해 신어인해적단과 대결한다. 어인섬의 위기를 구한 루피 일행은 어인섬을 출항하여 마침내 ""위대한 항로"" 후반의 바다인 “신세계”에 돌입한다.