닌자의 나라 나뭇잎 마을의 12살 소년 우즈마키 나루토는 닌자 학교(아카데미)의 초 문제아! 매일 장난만 치고 담임인 이루카 선생님에게 혼나기만 한다. 게다가, 학교 성적도 좋지 않아 졸업도 불안불안. 하지만 나루토에게는 마을의 영웅이며 長인 호카게의 이름을 이어 마을 최고의 닌자가 되겠다는 꿈이 있었다. 그러나, 그런 나루토를 보는 마을 사람들의 시선은 차갑기만 하다. 실은 나루토에게는 출생의 비밀이있는데, 그것은 12년 전 마을을 공포로 몰아놓은 「괴물 구미호」가 당시 갓난아이였던 나루토의 몸에 봉인되어 있는것. 학교의 교관인 미즈키에게 이용되어 호카게에게서 「봉인의 서」를 훔친 나루토는 미즈키에게 이 사실을 알게 되어 아연실색하게 된다. 이루카 선생님의 도움을 받아 나루토는 위기일발에서 미즈키를 넘어뜨린다. 또한, 이루카 선생님이 나루토의 비밀을 알면서도 자신을 잘 이해해 주고 있었다는 것을 깨달은 나루토는 새롭게 결의한다. 무사히 닌자 학교의 졸업을 인정 받은 나루토는, 같은반 학생인 우치하 사스케, 하루노 사쿠라와 함께 닌자로서의 첫 발을 내딛게 된다!!