대도시에 정체불명의 모듈형 로봇들이 다양한 범죄를 저지르기 시작한다. 그 뒤에 닥터M이 있음을 안 또봇 팀은 AI가 스스로 범죄를 계획한다는 사실에 불안해한다. 경찰은 로봇 범죄를 조사, 소탕하기 위해 ‘특수조사반’을 투입하고, 대도시의 또봇 팀은 특수조사반의 오혜라 형사와 ‘또봇 씨’, 그리고 ‘또봇 쎈’과 함께 범죄 로봇들을 퇴치한다. 그러나 씨와 쎈은 서로를 인정하지 않으려 하고, 특수조사반은 계속 삐걱댄다. 이즈음 부모님이 돌아오셔서 집으로 돌아간 한수는 사는 곳이 달라지자, 출동 시간을 맞추는 데 어려움을 겪고, 결국은 파일럿을 그만두기에 이른다. 하지만 그 후 집 앞 쓰레기장에서 누군가가 버린 듯한 마인드코어를 발견하고, 제트와 리모의 도움 아래 ‘또봇 팝’을 탄생시킨다. 한편, 닥터M은 ‘프로젝트M'을 본격적으로 진행하기에 앞서 모듈형 로봇들을 조종해 자신의 한계를 시험한다. 그런데 개발 초기 자신에게 각인된 금지 조항들 때문에 경찰에 맞서거나 사람을 직접 공격할 수 없자 완전한 자유를 얻기 위해 엔진박에게 금지 조항들의 제거를 의뢰한다. 동시에 한수가 활성화한 팝을 빼앗아 마인드파워를 활용할 계획을 세운다. 그리고 마지막까지도 남아있는 최후의 금지조항을 없애기 위해 자신이 존재하는 가상 세계 ‘M월드’로 또봇 엑스, 와이, 제트를 끌어들인다.