일본 스루가만에서 강도 10을 넘는 엄청난 파괴력의 대지진이 발생한다. 이어 도쿄, 큐슈 등 전역에서 지진이 발생해 일본 전역은 공포에 휩싸이게 된다. 미국 지질학회는 이것이 일본의 지각 아래 있는 태평양 플레이트가 상부맨틀과 하부맨틀의 경계 면에 급속하게 끼어 들어 일어나는 이상현상으로, 일본열도가 40년 안에 침몰하게 될 것이라는 연구결과를 발표하고... 미국의 가설에 의문을 품은 지구과학박사 타도코로(토요카와 에츠시)는 독자적으로 조사를 실시, 놀라운 사실을 발견하게 된다. 지구온난화로 인해 발생된 다량의 박테리아가 메탄가스를 생성, 그것이 윤활유 작용을 통해 태평양 플레이트의 움직임을 가속화 시켜 정확히 338일 후 일본이 침몰하게 된다는 것! 각료들은 국민을 외면한 채 해외로 도망가기 바쁘고, 불안감에 휩싸인 국민들 역시 하늘로 바다로 피난로를 찾아 떠나느라 전국은 아수라장이 된다. 그러는 사이 해일과 분화해 더욱 강해진 지진으로 희생자는 시시각각 늘어나고 타도코로는 일본을 구할 최후의 카드를 내놓는다. 바로 일본열도와 플레이트 사이에 가공할 위력을 지닌 'N2'폭약을 투여, 열도와 플레이트를 분리시키는 것. 그러나 작전을 수행하던 중 대원과 함께 'N2'폭약을 잃게 된다. 후지산의 대분화로 1억 2천만 일본국민을 위협하는 가운데, 잠수정 파일럿 오노데라(쿠사나기 츠요시)는 일본의 운명을 걸고 깊은 심해 속으로 들어가는데...