메이코가 겐나이의 모습을 한 의문의 남자에게 공격당한 것을 보고 메이쿠몬은 다시 폭주를 시작했다. 현실 세계로 사라진 메이쿠몬이 나머지 세계를 파괴하는 거대한 힘을 지닌 열쇠인 것을 알게 된 니시지마 다이고와 모치즈키 박사. 그 앞에 모습을 드러낸 헉몬이 그 진상을 밝히고... 폭주하는 메이쿠몬의 출현에 의해 현실 세계의 붕괴를 향한 카운트다운이 시작되자 여기저기서 차례로 변이가 발생하고, 균열을 통해 나타난 디지몬 들은 그때가 오기만을 기다린다. 선택받은 아이들은 변화가 시작된 디지털 월드에서 격리되어 현실 세계로 돌아오고, 그와 동시에 파트너 디지몬과 함께 사람들에게 쫓기게 되면서 고립무원의 신세가 된다. 메이코 역시 필사적으로 타개책을 찾던 중 홀로 고민하지만, 그녀에게는 동료나 디지몬 들의 목소리는 닿지 않는다. 그리고 잔혹한 운명은 누구보다도 올곧고 섬세한 영혼을 지닌 야가미 히카리에도 들이닥치게 되는데... 지금, 다시 모험이 진화한다!