나루토를 노리는 가면의 남자와 카부토, 그리고 나루토를 보호하기 위한 닌자연합은 결국 4차 닌자대전을 일으키게 된다. 전장은 세 곳. 하나는 나루토와 가면의 남자가 대결하는 전장. 가면의 남자가 조종하는 인주력들에게 고전하는 나루토는, 구미에게 인정받고 미수화하는데 성공한다. 두 번째, 우치하 마다라와 츠나데, 오오노키, 다섯 카게가 격투를 펼치는 전장. 마다라의 압도적인 공격에 고전하지만 다섯 카게들은 결코 포기하지 않고 힘을 모아 맞선다. 그리고 마지막 전장에서, 예토전생의 술자이자 카부토의 행방을 알아냈던, 이타치와 사스케가 카부토와 대치한다. 이타치는 예토전생을 억제하기 위해, 사스케는 진실을 알기 위해. 이윽고 전쟁의 운명을 결정할 전투가 벌어진다.